Met waterplanten worden alle planten bedoeld die een gedifferentieerde bouw met stengels en bladen hebben en als individu goed met het blote oog te herkennen zijn. Taxonomisch is de groep niet strak begrensd. Alle zaadplanten (Spermatopsida) vallen eronder, maar ook sporenplanten zoals varens en paardenstaarten (Pteropsida), mossen (Bryophyta), en sommige soorten algen zoals kranswieren (Charales) en de grotere blad- en draadalgen uit allerlei taxonomische groepen.
Veel soorten waterplanten kunnen ook boven water groeien als landplanten en worden dan vaak amfibische planten genoemd. Soorten die in de regel op de overgang tussen water en land voorkomen worden vaak oeverplanten genoemd. Internationaal wordt de term (aquatische) macrofyten (aquatic macrophytes) vaak gebruikt. Voor ecologische waterbeoordeling zijn planten (individuen) interessant die tenminste met de wortels en tenminste een deel van het jaar in het water staan.
De meeste beoordelingssystemen die gebruik maken van waterplanten kijken primair naar de soortensamenstelling. De meeste soorten hebben een duidelijke ecologische voorkeur en zeggen alleen al door hun voorkomen dus al iets over het milieu. De mate van voorkomen geeft weliswaar aanvullende informatie, maar kan de beoordeling ook misleiden. De meeste soorten zullen in eerste instantie in abundantie toenemen als het water voedselrijker wordt, ook de meer kritische soorten. Pas na verloop van tijd zullen dan de soorten die optimaal voorkomen in voedselrijk water de plek van de minder hard groeiende soorten overnemen.
Waterplanten worden meestal ingedeeld naar de belangrijkste functionele relaties met met watermilieu. Het al dan niet voorkomen van soorten uit deze groepen zegt dan dus ook wat over dat watermilieu.
Een verdere indeling is veelal gebaseerd op de relatie met andere milieufactoren of combinaties ervan. Ook hierbij wordt de structuur van de planten gebruikt om de indeling te beschrijven omdat deze een goede afspiegeling is van deze relatie met milieufactoren.
De meest uitgebreide indeling is beschreven door Den Hartog en Segal (1964), later bijgewerkt door Den Hartog en Van der Velde (1988) en uitgebreid beschreven voor het Nederlandse zoete water in Bloemendaal en Roelofs (1988). Deze omvat 18 verschillende groeivormen en dat zijn dan alleen nog maar de ondergedoken waterplanten en de drijfblad waterplanten.
Er zijn enkele groepen van waterplanten die vaak apart worden beoordeeld. Dat zijn groepen zowel wat groeivorm betreft als taxonomisch goed zijn te onderscheiden, maar waarvan het determineren tot op soort lastiger is.
Literatuur