De beoordeling gebeurt aan de hand van maatlatten die een EKR geven aan de hand van de soortensamenstelling en abundantie van bepaalde groepen planten en dieren (kwaliteitselementen). De maatlatten verschillen per watertype omdat de meeste soorten niet in alle typen even sterk vertegenwoordigd zijn en vooral heel verschillende indicatie over de kwaliteit geven. Zo zijn soorten die gevoelig zijn voor te veel slib in beken een indicator voor vervuiling (dan verdwijnen ze), maar in petgaten niet.
QBWat is de naam van het softwarepakket dat de scores voor de Nederlandse maatlatten voor zoete de brakke wateren berekent. Deze software is vrij te verkrijgen op de website van Roelf Pot, inclusief handleiding.
De beoordeling vind plaats aan de hand van de volgende soortengroepen, die ook wel kwaliteitselementen worden genoemd:
De beoordeling vindt plaats aan de hand van deelmaatlatten die aspecten van soortensamensteling en abundantie (apart) beoordelen.
De beoordeling kan per kwaliteitselement sterk verschillen en zelfs per deelmaatlat omdat bepaalde pressoren heel verschillende relevantie hebben voor deze groepen. Zo is de zuurstofhuishouding in beken voor macrofauna van groot belang, maar voor macrofyten is de fosfaathuishouding en schoningsregime van veel groter belang. Stroming is voor beide van belang, maar wel heel verschillend.
QBWat en de achterliggende maatlatten worden gebruikt om de ecologische kwaliteit van oppervlaktewateren voor de KRW vast te stellen. Hoewel de maatlatten gebaseerd zijn op ecologische principes, zoals de reactie van soorten op bepaalde pressoren, biedt het resultaat van de beoordeling met de maatlatten weinig tot geen houvast voor het formuleren van zinvolle maatregelen. De maatlatten zijn namelijk in principe niet diagnostich: ze geven geen mogelijke oorzaken van een onvoldoende kwaliteit en geven dus geen richting aan het zoeken naar mogelijke knelpunten.
Het programma inclusief de handleiding is, zoals gezegd, te vinden op de website van Roelf Pot. De beschrijving van de Nederlands maatlatten vind men op de website van Stowa. Over de Kaderrichtlijn is heel erg veel geschreven, het beste zoekt men met Google de relevante stukken, in het Engels als (European) Water Framework Directive en voor maatlatten in andere Europese lidstaten zoekt men het beste naar Metrics.